自1866年以来，中国内地会具有奉献精神的男女传教士大多在内地省份的穷乡僻壤传播福音，为了解决他们子女的教育问题，1879年，中国内地会的创始人戴德生来到北方海滨城市烟台，在东郊风景优美的海边买地（今滨海路海军航空学院内），第二年建成教室、宿舍及教员住宅，秋天正式开学。到1932年有学生271人。
起初，芝罘学校附属于为传教士开设的疗养院，但是后来发展规模超过了疗养院本身。1881年，WLElliston先生开始给最初的三名学生上课，其中包括先锋传教士祝名扬（CharlesHenryJudd）的两个儿子。Elliston也是最初的校长。到1886年，学生的人数超过了100人，
1937年，日本入侵中国，1938年2月，日军进入烟台。起初，英国人和美国人被视为中立国公民，学校运转未受太大影响。1941年12月7日，日本袭击珍珠港，太平洋战争爆发，日本海军查封了芝罘学校，逮捕了校长。1942年11月，芝罘学校的300多名师生被关押在烟台毓璜顶长老会住宅改建的集中营，1943年夏天，被转移到潍县乐道院集中营。师生们在营养严重缺乏的情况下，却奇迹般的毕业了三届，而且一如既往的坚持了牛津考试的严格标准。
二战期间，芝罘学校的一部分曾经在四川嘉定府（乐山）(1941-1944)和印度的噶伦堡（1944-1946）临时开办。第二次世界大战结束以后，由于北方政局变化，芝罘学校没有在烟台复校，而是临时在内地会上海总部立足（1946年到1947年）。1947年，内地会买下江西牯岭美国学校（KulingAmericanSchool）的四层都铎式大楼的校舍，将芝罘学校迁到那里。教师和学生逐渐恢复。到第一个夏天，已经有126名学生。
随着传教士在东亚地区重新部署，芝罘学校曾经分别在日本（1951-1998）、马来西亚（1952-2001）、泰国（1952-1954）、台湾(1954-1961）和菲律宾(1956-1981年）建校。2001年6月，芝罘学校在马来西亚的最后一所学校停办，拥有百年历史的芝罘学校终于划上了句号。
芝罘学校校友会成立于1908年，目前在北美（多伦多）、英国、澳大利亚、新西兰设四个分会。其会刊《芝罘》（Chefoo）创刊于1908年，至今仍在出版。据统计，到2000年，芝罘学校在全球的在世校友尚有300多人。
芝罘学校培养了一大批国际闻名的人物。著名的校友有《时代》杂志的创始人、美国出版家亨利·卢斯；美国著名戏剧作家桑顿·沃尔特；美国在华社会活动家艾达·蒲爱德。
芝罘学校是烟台这座近代开埠城市在国际上最有影响力的见证物之一。
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